Pastva dobytka a kosení luk po dlouhá staletí na lokalitě omezovaly rozvoj dřevin, díky čemuž se zde zachovaly rostliny a živočichové s vazbou na otevřené biotopy. Ukončení těchto tradičních způsobů hospodaření ale vedlo k postupnému zarůstání mnoha míst, rezervaci V Bahnách nevyjímaje. V 70. letech 20. století začali ochránci s regulací náletů dřevin. Pravidelné kosení vlhkých luk bylo obnoveno koncem 90. let v nejcennější jihozápadní části, zbytek území však silně zarůstal rákosinami. V letech 2010 až 2011 proběhla revitalizace potoka, při kterém původně napřímené koryto dostalo členitější přírodní tvar, a vznikly nové tůně.
Rezervaci ohrožují také splachy živin a pesticidů z okolních polí i přinášené samotným potokem Loděnice. Přesycení území živinami (eutrofizace) způsobuje pronikání a rozvoji nežádoucích, konkurenčně silných druhů (např. bezkolenec modrý, rákos obecný), které vytlačují původní a dnes vzácné rostliny.